Una raza alienígena, los Zentraedi, atraviesan la galaxia con destino a la Tierra. Con un ejército de naves que se cuenta por millones y una tecnología mucho más avanzada que la de los humanos, los Zentraedi no necesitarán demasiado tiempo para acabar con la raza humana y recuperar una de sus naves, que se estrelló en el planeta tiempo atrás. Los humanos no tienen mucho donde escoger para escaparse de su aniquilación, así que deciden salvar a los habitantes de la isla donde cayó "Macross", la nave alienígena, usándola para abandonar el planeta, dirigiéndose más allá de los límites del Sistema Solar. Siendo los Zentraedi los nuevos amos del planeta, sólo el tiempo dirá si alguna vez podrán volver a la Tierra y vencerles.

En medio de cinco sistemas estelares, conocidos como los Sistemas Joker, hay muchos reinos. En dichos reinos hay caballeros que controlan robots gigantes llamados Headliners. Junto a los caballeros están las fátimas. Humanas en apariencia y pensamiento, las fátimas (la mayoría mujeres) poseen capacidades físicas aumentadas que les posibilitan para controlar un Headliner. Sin embargo, las fátimas no pueden reproducirse. Todo esto está regentado por el Emperador Amaterasu y sus Caballeros Ilusorios.

Durant l’ère Edo, deux clans convoitent mutuellement l’épée Ginryu, l’un des biens les plus précieux de la famille Sugawara. Shuranosuke Sakaki, un jeune homme expert en sabre mais de caractère austère et distant, accepte d’aider le clan Nakura à délivrer la princesse Mayu, retenue en otage par le clan ennemi en échange de l’épée Ginryu.